Ngày 31/8/2017, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tống đạt quyết định khởi tố điều tra đối với ông Ninh Văn Quỳnh (Phó Tổng Giám đốc) và một số nguyên cán bộ Tập đoàn về tội danh “Cố ý làm trái các quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”. Việc khởi tố này để phục vụ hoạt động điều tra đối với vụ việc góp vốn của Tập đoàn vào Ngân hàng Thương mại Cổ phần Đại Dương (Ocean Bank) trong giai đoạn trước đây. Cho tới nay, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam đã và đang tích cực phối hợp với các cơ quan chức năng trong quá trình làm rõ vụ việc.
Việc các cơ quan bảo vệ pháp luật thực hiện tố tụng đối với cá nhân nêu trên không ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động sản xuất, kinh doanh và đầu tư của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam. Ngay khi nhận được thông báo từ cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam đã triển khai thủ tục đình chỉ công tác đối với ông Ninh Văn Quỳnh; đồng thời tổ chức phân công lại cho các đồng chí trong Ban Lãnh đạo Tập đoàn để tiếp tục triển khai công việc, nhiệm vụ được Chính phủ và Bộ ngành giao nhằm đảm bảo ổn định trong Tập đoàn. Tập thể Ban Lãnh đạo Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam thể hiện tinh thần đoàn kết, đồng lòng quyết tâm tập trung lãnh đạo, chỉ đạo xuyên suốt, giữ vững mọi mặt sản xuất kinh doanh, để Tập đoàn tiếp tục ổn định, phát triển và thực hiện thắng lợi các kế hoạch, chỉ tiêu trong cả năm 2017.
Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam mong muốn được dư luận chia sẻ, cảm thông với những khó khăn khách quan và chủ quan của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam trong thời gian qua và tiếp tục ủng hộ tập thể người lao động Dầu khí vượt qua giai đoạn khó khăn, vững bước phát triển.